外源性抗原与APC（抗原提呈细胞）结合、内化，形成内体，在内体或溶酶体中，抗原被蛋白酶降解成多肽，少部分多肽与MHC分子结合，形成抗原肽-MHC分子复合物，其中降解成的多肽即为抗原肽。

抗原肽一般指具有免疫原性的多肽或抗原衍生肽。内源性抗原（肽）和外源性抗原（肽）的区分是根据它们在进入加工途径前所处的位置，即位于细胞内还位于细胞外来确定的。任何抗原，无论是自己的，还是非已的，如在胞质内加工，都称为内源性抗原，而进入内体加工的都称为外源性抗原。因此，自身的蛋白质，如可溶性MHC分子，或细胞膜结合的蛋白质分子，如被APC摄入后进入内体加工，则虽然为自身蛋白，也称为外源性抗原，反之，在宿主细胞中复制的病毒、在宿主细胞中产生的病毒蛋白和胞内感染的病原体等虽属非自身蛋白，但由于存在于胞质内，也称为内源性抗原。外源性抗原和内源性抗原在细胞内加工的部位，所结合的MHC种类以及与MHC分子发生结合的区室是截然不同的，加工过程中涉及的酶、细胞内转运过程中所需要的信号或伴随蛋白等也是不同的。

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